達芬奇的第一次米蘭生涯以法國軍隊入侵而告終。他和弟子隨從等人離開米蘭後經過了曼都瓦、威尼斯等地。經過曼都瓦時，應女侯爵依莎貝拉．德斯特所求畫了一幅肖像素描；在威尼斯停留的三個月期間，對吉奧喬尼等威尼斯畫家也產生了不可磨滅的影響。

1500年春天達芬奇再度回到佛羅倫斯的時候，發現人事已非，美迪奇家族已經失勢；加上法軍的侵略和薩弗納羅拉事件的影響，繁華景象和歡樂氣氛已不如當年。達芬奇過去的師友維洛其奧、吉蘭達憂已死，而舊識波提且利和菲力比諾．利比都因薩弗納羅拉的影響轉入虔敬的宗教藝術。此時受人矚目的新秀唯有25歲的米開蘭基羅，而年輕氣盛的米開蘭基羅與達芬奇的個性並不投合，藝術理念也大不相同。幸好達芬奇帶著創作《史佛札騎馬雕像》和《最後的晚餐》的盛名載譽歸鄉，深受佛羅倫斯人的敬重。賽爾維特聖公會的修士們特別委託達芬奇為教堂製作祭壇畫，並接待他和僕從住在修道院年的一個私人空間。達芬奇在此開始為公會起草《聖母子與聖安娜》。1501年時草圖完成時，吸引了大批群眾扶老攜幼前往觀賞，成為佛羅倫斯轟動一時的盛事。不過這幅草圖尚未正式實現成為正式作品，達芬奇就離開了（註1），而該草圖後來也遺失。目前收藏於倫敦國家畫廊的一幅素描草圖，一般認為是1507至08年左右達芬奇回到米蘭應法王要求所作，推測畫面內容應與佛羅倫斯的草圖接近。

從1500年四月起到1505年，達芬奇大多數時間在佛羅倫斯 ，重要作品都在1504年之前完成。1503年他成為決定米開蘭基羅《大衛像》放置地點的委員之一；同時也為佛羅倫斯從事抵禦比薩的軍事工程。1503年底的時候，達芬奇應邀設計維其歐宮的裝飾壁畫，同時受邀設計另一側牆面的是年輕的米開蘭基羅。達芬奇以《安加里戰爭》為主題，紀念佛羅倫斯於1440年大敗米蘭傭兵統帥畢其尼諾（Niccolo Piccinino）的一場光榮戰役 ；米開蘭基羅則選擇了佛羅倫斯人打敗比薩的《卡西納之戰》（註2）。兩位藝壇巨人同時獻藝轟動一時，被視為一場精彩的藝術競技，人們津津樂道地談論和比較兩位大師的作品。連當時20歲遠在西恩納工作的拉斐爾，聽到消息便放下手邊工作，直奔佛羅倫斯來觀摹他們的作品，可見事件對人們影響巨大。

達芬奇為了這件雄心勃勃的作品，特別採用一種古羅馬時期普里尼書上記載的蠟畫繪製（註3）。然而，可能因為實驗性太強（該技法失傳已久），又急於求成，想打敗對手，使得蠟畫技術失敗。這個壁畫一直未完成。且在十七世紀時被破壞了。現存的後人摹本中，最能完整呈現達芬奇作品精神和原貌的，應屬魯本斯1605年造訪義大利所臨摹的版本。

達芬奇曾形容戰爭的廝殺如「獸性般的瘋狂」。從魯本斯的摹本中，我們可以想見達芬奇用了緊湊的構圖呈現了兩軍人馬糾纏的激戰﹕士兵們血脈賁張，臉孔因憤怒而扭曲，他們一面吶喊著，一面揮刀猛力地砍殺；衝鋒的馬匹也怒目圓睜，撲前互相嘶咬。摔倒在馬蹄下的士兵仍然激烈地進行生死肉搏…。雖然是構思出來的假想場面，達芬奇卻能將激烈的戰場處理得栩栩如生，令人有身臨其境之感。當然，他在米蘭時期對人體和馬匹的解剖研究和對人物動勢、神情的掌握，在此又一次充分發揮。

（註1）根據瓦薩利記載，達芬奇聽說修士們把祭壇畫委託給了菲力比諾．利比，便對外宣稱自己樂於接受這項工作。心胸寬大的利比便決定讓賢。於是修士們恭敬的將達芬奇迎接到教會中專心工作，供應一切開銷。達芬奇讓他們等了一段時間後才畫了一幅《聖母子與聖安娜》，然而草圖完成後，他又拋下工作跟隨波吉亞到別處去了。修士們只好又找回利比幫忙，可是利比未完成工作就過世了。

（註2）隨著1494年佛羅倫斯共和國的成立，共和政府決定在維奇歐宮增設一個議會大廳。大部分的建築工程很快在1500年完成，但會議廳內牆壁需要兩幅表現新共和國的精神的裝飾畫。他們選擇了當時最負盛名的達芬奇和年輕的米開蘭基羅分別表現佛羅倫斯歷史中的兩場重要戰役。然而兩個藝術家都沒有完成他們的工作，我們只有在間接的文獻記載、草圖和後人的臨摹稿中約略推測他們的畫面構思。

（註3）達芬奇使用古代的蠟畫技術，上色前將蠟和顏料溶合，在塗了松脂的石膏表面作畫，由於這種技術本身的用法，色彩無法自然乾；加上天候不佳，突然的潮氣使得固定草圖的泥灰液化。達芬奇為了克服這種情況使用火盆暖牆，結果使得上方的色彩尚未凝固，下方的顏色卻因火烤而溶解流失了。最後畫家不得不宣布放棄。@*

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