由于早年军教人员待遇偏低，因此享有薪资所得免税的优惠。虽然随着时代的改变，以及这种依照身份别、职业别的免税规定，明显违反租税中性原则，但因影响权益的人员多达35万人以上，使得军教免税争议延宕几十年无解。

经过政院介入协调，行政院会昨天终于拍板定案，通过“所得税法”、“教育经费编列与管理法”以及“幼稚教育法”修正案。其中所得税法修正草案规定，取消军教薪资所得免税，包括托儿所、幼稚园、国民小学、国民中学、私立小学及私立初级中学的教职员，以及现役军人。

行政院长刘兆玄表示，这是我国租税史上十分重要的里程碑，象征我国所得税制向公平合理更迈进一大步。

行政院发言人苏俊宾转述，刘揆感谢财政部、教育部与国防部努力沟通，终于获得共识的版本，希望能尽速完成修法，并落实配套措施，同时也期许各部会，未来能再针对相关的配套措施，加强进行后续的宣导工作。

为了因应取消军教薪资所得免税的冲击，国防部、教育部与内政部规划配套措施。国防部会调整志愿役的勤务加给；教育部将以补助国中小约聘雇行政或辅导人力、调增国中小及幼稚园导师费、降低国中小教师授课节数等方式来给予实质补贴；内政部则补助托儿所教保人员教保费、临时助理教保人员人事费，以及其他学龄前儿童照顾服务。

苏俊宾说，在教育经费编列管理法修正草案部分，规定中央政府就公私立国中、国小及幼稚园的教职员课征所得税所增加的收入额度，将以外加方式编列专款，专用于提升幼稚教育及国民教育品质。

幼稚教育法修正草案则规定，幼稚园每班设教师两人，“都兼任导师”，但班级人数在15人以下时，仅其中1人为导师。

行政院指出，军教人员恢复课税，预估政府一年将增加155亿元的税收，增加的税收将用于相关的配套回补给军教人员。

此外，行政院会上午也通过“国家教育研究院组织法草案”，落实行政院87年核定的“筹设国立教育研究院”执行项目，未来的国立教育研究院将整并国立编译馆与国立教育资料馆，从事整体性、系统性的教育研究，并逐步朝行政法人方向发展。