南北战争于1861年4月开始，南方各州声称有权分裂，并且组成了自己的邦联。其部队先开火。北方各州在林肯总统的领导下，决心阻止叛乱并保护联邦。

北方的州多出一倍多而人民也多出两倍，并且有充裕设施生产战争物资，以及优越的铁路网。南方有较有经验的领导人，并且有大部分在自己领土战斗的优势。

四年来，数万名士兵和马匹参与的陆战在维吉尼亚、马里兰、宾州、 田纳西州和乔治亚开打。海战在大西洋沿岸与密西西比河开打。在西部，联邦势力几乎赢得连续的胜利，相比之下，在维吉尼亚，他们企图夺取邦联首都瑞其蒙(Richmond)失败后，尝到败战。

战争中最血腥的一天是1862年9月17日，当天两军于马里兰夏普斯堡(Sharpsburg)附近的安提耶坦溪(Antietam Creek)交会。由罗伯特李(Robert E. Lee)将军率领的邦联部队未能击退由乔治麦克莱伦(George McClellan)率领的部队，而李与他的军队毫发无伤地逃跑。麦克莱伦被撤职.。虽然军事上此战役没有决定性，其影响十分广大。英国和法国本已准备承认邦联，他们决定延迟，而南方从未收到它所急需的救援。

数月过后，林肯总统发布一项初步解放宣言(Emancipation Proclamation)，释放所有居住于邦联州内的奴隶并且授权招募非洲裔美国人加入联盟军队。现在北方不需再为了保护联盟而战，他们正为了结束奴隶制度而战。

1863年，联盟军队在密西西比的维克斯堡(Vicksburg)和宾州的盖茨堡(Gettysburg)胜利势气大增，接着威廉谢尔曼(William T. Sherman)将军穿越乔治亚以及进入南卡罗莱纳时，实施焦土化战术。 1865年4月，在尤利西斯葛兰特(Ulysses S. Grant)将军指挥下，庞大的联盟军队在维吉尼亚包围罗伯特李，李投降，美国南北战争结束。

投降的条件非常宽大，葛兰特提醒他的军队，“叛军再次成为我们的同胞”。在华盛顿，林肯总统准备开始调解过程，然而他再没有此机会，南方投降后不到一个星期，他被一名因战败而愤怒的南方人所暗杀。任务落到副总统安德鲁詹森(Andrew Johnson)身上，他是一名希望重建过程快速且舒适的南方人。

詹森发布赦免，恢复许多南方人的政治权利。到1865年末期，几乎所有前南部联盟支持者的州已召开会议撤销分裂并废除奴隶制度废除，只有田纳西州拒绝批准一项宪法修正案，给予非洲裔美国人完整公民权。由于共和党在国会决定实施自己的重建计划，他们制定惩罚措施，防止前叛军领袖担任职位。他们将南方划分为5 个军区，由联盟将领管理。他们否认任何拒绝效忠于联盟之人的投票权。他们强烈支持美国黑人权利，詹森总统试图阻止许多这些政策并且被弹劾，投票不符合标准，他因而继续留任，但国会将继续执掌未来30年的巨大权力。

导致南北战争的分裂与仇恨在战争停止后并未消失。当南方白人获得政权，南方黑人受苦。他们以获得自由，但却被禁止享受其权利，因为地方法律拒绝让他们使用许多公共设施。他们有投票权却在投票时受到恐吓。南方曾经分裂并维持了100年，战后重建过程起初怀有重大理想，却因腐败与种族歧视而失败。其失败让非洲裔美国人对平等的抗争延迟到20世纪，此时这已成为全国议题，而非南方议题。