据说，修昔底德在他的著作中记载：”这种瘟疫起源于埃及上方的埃塞俄比亚的一些地方，由那儿传播到埃及和利比亚，以及波斯国王的大部分领土内。 ”尽管至今尚未找到公元前430年及其前若干年内北非一带曾发生瘟疫流行的佐证，人们对修昔底德提供的瘟疫来自北非这样一种传闻还是认可的。
因为，1.修昔底德所着《伯罗奔尼撒战争史》作为一部信史，已经在1877年被考古学家所证实。当年出土的一块石碑刻有公元前419年雅典与阿尔哥斯等城邦缔结条约的铭文，同修昔底德书中记载内容相差无几。故修昔底德书中其他记述在无明确材料予以质疑的情况下可基本采信。2.公元前525至前404年，古埃及正被波斯统治，如此波斯帝国统治范围内的人员往来密切，这样便为疾病自北非向外扩散提供了途径。此外约公元前460年，埃及边境上的利比亚人发动了几乎遍及埃及全境的反波斯国王的暴动，并请求雅典人给予援助。当时雅典的一支拥有200艘舰船的舰队正准备出征塞浦路斯，接到命令后便转而开往埃及，”由海道进入尼罗河河口，溯河而上”，一度”控制了尼罗河和孟菲斯城”，由此引发了一段历时6年的雅典人远征埃及并大败而归的历史。修昔底德记述的这一史实表明北非人同雅典有着往来传统，（的确如此，因为公元前451年，”应埃及沼泽地区之王阿米尔泰乌斯之请求”，雅典人又曾派出60艘舰船前往过埃及并顺利返回）如此便为瘟疫自北非向波斯其他统治地扩散的同时也传往雅典提供了可能。3.经历了公元前492至前449年的希波战争而取得辉煌胜利的雅典人，建立了统领周围200多个城邦的庞大的雅典帝国，原本就已发达的海上贸易日益繁荣昌盛，令雅典本土同远至西亚沿岸、北非等地殖民点的交往更为频繁，而散布其间的其他诸多希腊人城邦或殖民点，在往返交往中构成了瘟疫向希腊本土传播的跳板，从而成就了瘟疫能够首先在雅典著名海港比雷埃夫斯登陆这一事实。
瘟疫抵达比雷埃夫斯后，之所以能够很快蔓延开来，同雅典人口的密度、流动性、居住环境以及生活习惯均有关系。雅典一带人口密集可以说由来已久，根据修昔底德的记述我们知道，尽管阿提卡地区土地贫瘠，但自古以来居民的族属没有改变，内部也没有纷争，相对希腊其他土地肥沃的地方来得和平安宁。反之，其他富饶之地如色萨利、波奥提亚和阿卡地亚以外的伯罗奔尼撒的大部分地区，则主人更换频繁，权势纷争导致公社瓦解，引发外族入侵。如此便使因战争或内讧而被驱逐的那些最有势力的人，求助于雅典人，把阿提卡作为一个安全的避难所，甚至”归化入籍”。这样自早期时代起，使原本众多的城邦人口迅速膨胀，后来以致阿提卡面积太小，容纳不下这么多人，最终不得不派遣移民迁居他处。
及至伯罗奔尼撒战争暴发前夕，大量居住在乡村的雅典人接受伯里克利提出的坚壁清野的建议，把牛羊都运往优波亚岛及附近诸岛，带上拆卸下来的房屋木造部分、所有的日用家俱和其他能搬动的东西，妻儿老小举家迁进雅典城。这些人到了雅典城，极少数人有自己的房屋可住，也有部分人寄住在亲戚或朋友家中，但大多数人不得不在城市中没有建筑房屋的地方，在庙宇中或古代英雄的神殿中栖居下来。雅典卫城，一些神庙，以及卫城下面一块名叫”皮拉斯基人的土地”的空地，因被视为受神诅咒之地而历来禁止人们居住。”但是因为当时的迫切需要，”修昔底德写道：”在这块土地上面也盖起房子来了。……由于发生战争，人们不得不在此居住。” 从修昔底德接下来的记述中我们不难看到，人口密度原本就大的雅典城，到了人满为患的地步。许多人在城墙上面的塔楼中住下来，在其他地方只要能住，他们都住下来。因为他们都迁入城中，城市太小，容纳不下他们，后来长城的外围以及比雷埃夫斯的大部分都分配给他们使用，并且让他们居住在那里。尤其进入伯罗奔尼撒战争的第二年，为躲避伯罗奔尼撒人的野蛮进攻，大批乡村居民更是源源不断地涌入城市。新来的人没有房屋住，不得不在盛夏季节拥挤进临时搭建的茅舍。
原本不为人住的神殿、塔楼、庙宇、回廊以及临时搭建的简陋茅舍，缺乏合理排除生活污秽的有效设施是可想而知的，因此迁进雅典城的大量人口居住状况很糟糕。此外干旱的夏季里，修昔底德提到的泉水蓄水池或雨水池一定会是雅典城居民饮用水及生活用水的主要水源。池中不流动的存水，随便什么人都可以随时饮用，甚至人们可以跳进池中洗澡等等雅典人的这些用水习惯，再加上人口密集导致的生活垃圾遍地所带来的生活环境恶化，必定强化了瘟疫的蔓延。修昔底德已经意识到了这一点，所以他指出，”使雅典人的灾难更加恶化的一个因素是乡村居民涌入城市”。事实上也正是如此，修昔底德写道：“住在空气不流通的茅舍中，大量的人无法遏制地死去了。垂死者的身体互相堆积在一起，半死的人在街道上到处打滚，并且群集于泉水的周围，因为他们想喝水。在他们所居住的神圣场所中，也充满了死者的尸体……” 瘟疫肆虐雅典城的同时，也在向其他地方继续蔓延。人口最密集的一些城邦，不同程度地相继暴发了疫病。但如修昔底德所说，疫情最严重的还是雅典城。当然，在瘟疫蔓延的过程中，有一个现象很令当时的人们费解，即尽管伯罗奔尼撒人刚刚入侵阿提卡瘟疫就暴发了，但”疫情从未侵入伯罗奔尼撒”半岛，用修昔底德的话说，”至少是程度有限，不值得关注”。瘟疫对传播对像似乎很有选择，譬如在瘟疫最为盛行的第一个夏季，雅典派去增援围攻波提狄亚的远征军，就发生了瘟疫并传染给了原先攻城的那些健康士兵。可是雅典人多次俘获伯罗奔尼撒人，在押入雅典城后有些又经战俘交换而被放回，却不见修昔底德笔下写有被染病的。反而多见 “在伯罗奔尼撒人在阿提卡和雅典人从事海上远征的整个时期内”，”雅典军队中和雅典城内，都不断地有人罹疫身亡”的记载。
根据修昔底德的记载，伯罗奔尼撒战争开始后第5年即公元前427年末的冬季里，”瘟疫第二次在雅典人中间暴发了”。”第二次瘟疫延续了整整一年，”修昔底德写道：”而第一次瘟疫延续了两年。事实上，瘟疫从来就没有完全停止过，虽然它的危害性大大减弱了。”公元前426年底以后，瘟疫似乎离别了雅典人，无声无息地走了。
什么原因促使来势汹汹的雅典瘟疫悄然终结？许多年来有着各种各样的传说对此加以解释。
传说之一：就在瘟疫袭击雅典的时候，市民们推举一些代表去爱琴海中的提洛斯岛（Delos）请示阿波罗神的旨意，神说，要想遏止瘟疫，得将阿波罗神殿中那个祭坛加大一倍。祭坛是个正立方体。人们对神谕自然欣然接受，便把祭坛每一边加长了一倍，结果体积变成了八倍，瘟疫依旧蔓延。人们情急之下忽然想到，或许神谕的意思是要把祭坛的体积增大一倍，也就是正方体的每边增至原来边长的3√2倍。这个倍立方问题，等于是要用直尺和圆规作一已知线段的3√2 倍长。结果他们照此增大了祭坛，不知是阿波罗觉得近似值就可以了，还是就默许了雅典人用的这个尺度，反正瘟疫终于停止了。
传说之二：屹立于雅典的一尊铁铸肖像上镌刻的铭文–“谨以此纪念全城居民的拯救者和恩人”，时刻提醒着后人牢记”西方医学之父”希波克拉底，为雅典瘟疫终结所做的贡献。希波克拉底（Hippocrates）出生于小亚细亚科斯岛一个医学世家，生活在约公元前460至前377年间。自小随父学医，成人后便在希腊半岛、小亚细亚、黑海沿岸和北非等地游历行医。依靠自己的聪明才智、广博见识和日积月累的行医实践，逐步建立了不同于巫术的科学意义上的医疗知识体系。一段流传于民间的诊治雅典瘟疫传说，就同他的名字紧密联系在一起。传说中讲述道，雅典瘟疫发生不久，希腊北边马其顿国王的御医，甘冒生命危险前往雅典救治。这位御医到了雅典后，一面调查疫情，一面探寻病因，试图找到一种解救的方法。经过四处查访御医发现，全城只有一种人，没有染上可怕的瘟疫，这种人就是每天同火打交道的铁匠。由此他暗自揣测，难不成大火可以制止瘟疫的肆虐？紧急的疫情不允许他花时间去慢条斯理地弄清其中道理，必须尽快行动起来，于是他便让人们在全城各处燃起了火堆。炙热的火焰在阵阵海风中卷动，扬起的浓浓烟雾在城内四处飘散。在火与烟的逼迫下，疫情开始缓解，雅典终于得到了拯救。这位御医便被认为是希波克拉底。
前一个传说显然是一种牵强附会，后一个传说则有其合理成分。火与浓烟，在某种程度上对城区起到客观上分隔作用的同时，对空气或许也会起到一定的消毒净化作用。但即便如此，人们还是对这整个传说的真实性提出质疑，因为1.这般重大情节为何没被当时尚在雅典城里的修昔底德所记载；2.有历史学家考证发现，瘟疫期间希波克拉底并没有去过雅典。不过流传后世的《希波克拉底格言》中倒是说过，用药治疗不了的疾病，手术刀可以做到；手术刀治疗不了的，火可以治疗；而火治疗不了的，那就一定没治了。
希波克拉底在《流行病》中说道：大自然就是医生，大自然会找到自己的办法。雅典瘟疫中一些染病者自愈，似乎正是如此。修昔底德记述道，”那些自己得了瘟疫后来痊愈的人”，”不再为他们自己担心了，因为从来没有人第二次得这种病–即使第二次染上这种病，也不会致死”。有幸的是，修昔底德便是这些痊愈者当中的一位，由此今天的我们才能从他那传世佳作《伯罗奔尼撒战争史》里详细了解到雅典瘟疫的情况。
从现代医学及流行病学角度分析，雅典瘟疫之所以停止蔓延并最终消退，完全在于死亡直接导致城区相对空间内人口密度的降低；战争形势深入发展令雅典一方出兵远征频度增多，客观上向外疏散了城区人口；火化病尸，直接减少了病体传染源对活着的人群继续传染的几率；染病痊愈者自身产生了抗体，形成免疫群体切断了瘟疫传染链等等综合因素相互作用的结果。
修昔底德在对瘟疫发生的惨烈事实做了详尽记述的同时，却受当时主客观条件限制而对”其发病原因是什么”没能做出正面回答。他没有任何主观臆测，而是”留给其他的作家去考虑，不管他们是业余的还是职业的”。
近代医学形成以来，人们根据修昔底德的记录对这场瘟疫到底是什么病，做了各种推测。最早大概算是19世纪英国史学家乔治•格罗特在所着《希腊史》中所做的推测，他称该病为”发疹伤寒”，也就是后来的斑疹伤寒。尔后多数人一度认为这是一种危险的猩红热；另一些人则分别认为是斑疹伤寒、麻疹、天花或是里夫特袭谷热。例如历史学家阿诺•卡伦就推测，雅典瘟疫”可能是麻疹、猩红热、天花、伤寒或某种不再存在的疾病在欧洲的初次登场”。其他推测甚至有认为，此次瘟疫可能是”一种流感或类似的疾病因葡萄球菌感染而复杂化了的中毒性并发症”，”并相互助长着引发了剧毒性瘟疫”。
20世纪50年代，美国堪萨斯大学医学史教授根据自己的研究认为该病是流行性斑疹伤寒；20世纪70年代，美国坦普尔大学历史学教授、医学史家罗德里克•E.麦格鲁通过研究也认为该病应是流行性斑疹伤寒。然而1996年，美国圣地亚哥医疗中心的帕特里克•奥尔森博士在《正在出现的感染性疾病》论文中提出新观点，声称在雅典这场瘟疫的背后存在着的是埃博拉病毒，理由是修昔底德的陈述同1995年扎伊尔埃博拉热病暴发的报告之间有着某种相似性，其中最典型的是两者都有”与众不同的恶心和打嗝”。《新科学家》杂志则进而指出两者之间另一种关联的存在，即雅典附近岛屿上的古代壁画中描绘有绿色猴子，而正是这种猴子被”科学家们怀疑，是它们把埃博拉病毒传给了扎伊尔人”。针对这种新观点，伦敦学派的卫生学与热带疾病医学家恺文•德孔克提出了反驳，他指出，埃博拉的一个主要症状是大量出血，而这个特点在修昔底德的陈述中完全没有被提及。两年后，美国国家癌症研究所一个专门从事黑死病研究的小组于1998年发表研究报告，以另一角度提出自己的观点。他们认为，从症状上看可以肯定雅典瘟疫与中世纪的黑死病均因感染了同一种出血性病毒所致，因而极有可能就是黑死病，但断定这种病毒是埃博拉病毒还缺少依据。
雅典瘟疫病因到底会是什么？《剑桥医学史》概括地说：”根据修昔底德所描述的症状，鼠疫、天花、麻疹、斑疹伤寒，甚至梅毒以及麦角中毒都可能榜上有名。无论哪种疾病似乎都已经破坏了希腊人通过中和与免疫而控制其发病的能力。” 能否最终探明雅典瘟疫的病因，美国芝加哥大学历史学荣誉教授威廉•H.麦克尼尔从不抱乐观态度。他在自己那部给国际历史学界带来震撼的著作《瘟疫与人：传染病对人类历史的冲击》中写道：雅典瘟疫”这种病没法在现代医学中被确认”，”假使修昔底德的话可信，那是一种新疾病，而且它的消逝也和它的出现一般神秘 “；”神秘的传染病来了又走了，不留一丝痕迹”。