徐灵胎在学术上的高超理论和广博学识，可以从《医学源流论》的各篇医论和他的其它著作里的评议中看得出来。由于他重视理论，能溯医学源流，凡是他笺释评议之处，大多有精辟见解，评贬也大多公允。他生平批阅之书竟有一千多种，可谓博大精深，堪称中医史上罕见的医学评论大家。
他在临床处理上不拘成法，其丰富经验和独到手法则可从《洄溪医案》中窥其端倪。下面从中摘引几则医案，以偿读者。
徐灵胎去太湖之滨为同学赵子云治疗暑痢危症。同学的邻居家刚好有一少妇死了，要往震泽去买棺材。知道徐灵胎在那里后，就请他去看看，是否还能救活。徐灵胎发现她的脉搏已经摸不到了，但心脏还是温热的，皮肤颜色也还没有变，断定是“暑邪闭塞诸窍”，还没有完全死。随即开了一张清暑通气的处方。几天后，赵子云的儿子来看徐灵胎，说那少妇服下一剂药就能说话；服两剂就能转动身子；服三剂就完全好了。
洞庭的卜夫人，得了怕冷的毛病，有一位名医用人参、附子给她治疗。十年间服了几十斤附子，反而更怕冷了。才入初冬就四面都用火围着她烤，身上穿几重绵衣，仍然冷得打抖。徐灵胎认为是内有热邪、逼阴于外，属于《内经》里说的“热极生寒”的症状，应该“散其热，使达于外”。他用几两芦根，煎清凉疏散的药物给她当饮料喝。服了三剂就不用烤火了；服了十剂就减少了身上的衣服。又经常服养阴药，身上反而觉得温暖。过了一年，积在体内的附子毒素发出来了，周身象火烧一样，服寒凉药反而好受些。随后又周身和头、脸、口、鼻都生热疮，下体都腐烂了，脓血淋漓的。徐灵胎用外科治热毒的方法给她治，一年才完全治愈。以后年龄越大反而越觉得身体热，与以前相反了。
嘉善的许竹君，其夫人生病，医生用了过多发散药虚其表，接着又用补养药固其邪，风邪深入到营分，怕风就像怕箭射一样。关着门藏在家里好几个月，完全不见日光，有一点微风就发冷发热并晕倒。徐灵胎去她卧室诊病，见窗户都用两层布遮着，床前张着帷帐，外面又用布单子围起来。其脉象微、软而没有阳气。徐灵胎说，开头用药有误，后来又过于避风，以至于“阳气不接，卫气不闭”，现在必须要照阳光，而且要在太阳下晒，服药才有效。其夫说，见太阳就必然有风，怎么办呢？徐灵胎说，暂且把房顶的瓦去掉，让太阳光下射，在屋里晒太阳怎么样？于是如法施行。经过三天的治疗，就能打开窗户了；治了十天后就不怕见风了，病也全好了。第二年，其夫带家眷去京都，船停在码头上，来请徐灵胎给她开一张经常服用的处方。当天起着大风，在船窗边给她诊脉，徐灵胎都觉得怕那个风，而她却一点不怕。
淮安的大商人杨秀伦，七十四岁了，因为感冒而致消化不良。医生因为他年事已高、家中又富有，就只给他服补药。弄得他一闻到饭的气味就发呕，看到别人吃饭就叱骂道：这种臭东西，亏你们怎么吃得下？整整一个月，他不吃不睡，只好用人参汤保着命。徐灵胎诊断后说：这个病可以治，但我的处方你们必然不给他服用，不服用就必死。如果按你们的意思处方，也会死，还不如不处方。家中众人问：应该用什么药呢？徐灵胎说：非用生大黄不可。众人果然吓了一跳。药煎成后，徐灵胎亲自拿药到病人那里去强制他服。众人惶恐而又没办法，就只准他服一半。当天晚上就气息平稳而能睡得着觉了，但没有拉屎。第二天全服了一剂，拉下少量陈粪，身体更和顺了。第三天一大早，徐灵胎还没起床，外面闹轰轰的说：老太爷(病人)在堂中扫地，要亲自来感谢先生。一会儿果然到徐灵胎的卧室里来，谈了好久的话。开早饭时，病人看人吃饭，就向自己碗里撮了几粒，嚼了几下说：怎么不臭了呢？从此就渐渐的吃起饮食来，精神也恢复得和以前一样了，人们都感到很惊奇。
徐灵胎去探望他的族兄龙友，坐谈之间，有老太太惊慌的跑来说：没救了啊！徐灵胎惊问原因，龙友说：我侄儿媳妇生孩子，两天都没生下来，接生婆已经拒绝接生了。徐灵胎建议去看一下。去一看，浆水已经干涸，产妇已经疲倦得说不出话来，接生婆还叫她往下使劲。徐灵胎说：别怕，这是“试胎”，还不会生呢，不要强迫她生。叫人把她扶正安稳的躺着，一个月后才会生，生时必然是顺产，而且是生个男孩儿。接生婆听了微带嘲笑、不以为然，而且说：这是谁啊，说这种大话。我接了几十年生，从没看见过像这样子还生得下来的。产妇家里人也半信半疑。徐灵胎给她开了一张养血安胎的处方，一服用就胎气安和，完全没有生产的迹象了。过了一个月，果然生下一个男孩，而且生产过程非常容易。众人都觉得太神了。龙友非要请灵胎解释原由。灵胎说：凡是胎气旺而母亲有风寒劳碌等干扰的，胎儿就会往下坠，像要生产的样子，用安胎药就行了。不知道的人以为真要生产，强迫产妇用力，就会导致胞浆破流，胎儿就不安全了。我诊她的脉很旺，而胎儿月份不足，就知道不会生产。但强迫她生产，已经动了胎气，将来生产时必然容易。她的左脉很旺，故知是男胎。这些道理都很浅近，只是人们不知道罢了。
吴超士家的男仆，已二十岁了，跟随他去戏院里看戏，因发寒热而先回家去了。半夜的时候不住的呻吟。第二天大早去看，居然藏在床底下，声称一群鬼要杀他。把他拖出来看，身上全是麸壳一样的细点子。徐灵胎说：这是“恶痘”啊。皮肤都呈暗紫色，赶紧用升麻、羌活、生地等药煎汤给他灌下去。三天后痘形出来了，周身被痘覆盖得没有一个小孔，头面部分还重重迭迭长痘。徐灵胎始终用滋养气血的药物，时医所用那些猛烈的恶药一样也不用。二十多天才结痂，痂颜色焦黑，结成手掌大小一片一片的，形状象破水缸的陶瓷片。剥去这些痂片后，人都完全变了一副模样，看到他的人都认不出是谁了。
濮院的沈维德，患了“下疳”病，外生殖器连根都烂尽了，尿从骨缝中流出来，渗灌到阴囊里，连肛门都烂进去半寸深，痛苦得大声哀号。用车载到徐灵胎家，只求保住命就万幸了。徐灵胎也没治过这种病，只好尽力而为。用解毒养血的药给他内服，外敷药一用就痛，换了好几次处方，找到不痛的药外敷。两月后结痂并能行走，只是阴茎没有了，只留下一点根。徐灵胎曾读过一本秘籍，内有“再长灵根”的方法，要用胎狗一个。刚好家里的狗产了三只小狗，就取了一只来，用泥裹着火里煨干，和药一起碾碎，给了病者。过了两年，病者的妻子忽然生了一个孩子，同族的人全都大哗不解：他已无外生殖器，怎么能生孩了呢？病者的岳父徐君偷偷的向病者打听，沈维德说：我服药后阳道已长，生儿子有什么可疑呢？徐君便把族人召集起来一同检查，果然已经长出外生殖器来了。后来又生了一个儿子，众人才不作声了。这件事远近传遍，以为神奇，一直有人当作逸闻来传述。(案：这在医学上也算一个奇迹。据后世医家评论，徐灵胎在外科、疡科方面也是第一流的专家水平。)(待续)
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