跨国药物设计合作 中研院寻找治禽流感药物
【大澳门威尼斯人赌场官网5月4日报导】(中央社记者翁翠萍台北四日电)中央研究院研究团队在欧盟EGEE计划协助下,针对禽流感病毒蛋白的八种可能变异结构,挑选三十万个小分子药物的活性反应模拟测试,在四周内使用一百三十七个CPU年的电脑计算能量加以排序后,初步分析可能有效的药物出现在前百分之十三,筛检成效卓著,有助寻找治禽流感药物。
负责禽流感药物开发的中研院基因体研究中心博士吴盈达表示,流感型式多,人类只传染三种,鸟类常见的流感偶尔会传给人类,近年证实H5N1可传给人,累计近两百人感染,其中一百三十人死亡,致死率相当高,施用克流感等药物,又发现流感病毒蛋白会突变,中研院想从已知药物,在实验室设计药物使病毒蛋白发生作用,所以需要大量计算,欧盟的EGEEE平台协助做了快速筛选,有助加速了解病毒突变后那些药物仍然有效,也希望了解病毒蛋白在那里变种再从中着力。
他说明,有了全球网格基础架构(WLCG/EGEEe-Infrastructure)的超高计算能量协助,快速从三十万个药物结构排序找出较具信任度的近四万个药物结构,中研院可进一步用自己的算法,再找出大约两千个更可能有效的药物结构,加速新药开发,这第二阶段找出可能药物结构的信任度可提升为前百分之五。
这项禽流感药物设计的计算模拟,由中研院网格计算团队、基因体研究中心负责,与法国CorpuscularPhysics Laboratory of Clermont-Ferrand,CNRS/IN2P3、意大利Institute for BiomedicalTechnologies,CNR共同合作。由台湾与法国主导,串连EGEE、AuverGrid及中研院TWGrid三网格系统,在欧洲动员三千台电脑,使用大约一百三十七个CPU年的计算量,产生一千四百个GB(Giga Byte)的资料量。
中研院网格计算团队主持人林诚谦博士表示,这是目前全球最大的跨国药物设计计算合作案例。不仅证明WLCG/EGEE网格系统大幅提升了生物计算及资料分析的速度,也展现全球网格基础架构弹性,即整合全球网格资源与即时支援大规模计算的应变能力。
他进一步说明,如果只用一台电脑,前述计算能量须要一百三十七年来完成,但现在动员两、三千台电脑,就只需要三周半时间就可完成计算。
吴盈达则表示,如果没有这种超高计算能量,以过去保守做法,挑选一、两千个药物结构,用一台电脑,至少要一两年才可计算完成,若还找不到有效的药物结构,又再找一两千种可能的药物结构继续计算。有了全球网格基础架构协助,才可能针对立即的疾病,广面的取三十万个药物结构去计算预测,这在过去是无法想像的。