顯然，格蘭維爾等這樣做是在玩弄政治手腕，目的是順利收取印花稅，但佛蘭克林還是決定“合作”。因為他認為，既然印花稅的徵收已成定局，與其讓英國官吏去征管，不如讓殖民地的人自己管理。美洲的事情應由美洲人自己處理。因此，他提名自己的朋友約翰•休斯作為賓夕法尼亞的稅吏，並建議當時康涅狄格的代理人賈雷德•英格索爾在該州擔任此職。
　　
然而，佛蘭克林還不知道，他在美洲的同胞們對這件事同他的想法不一樣。他們並不以法案在英國通過為定局，而是認為凡是不正當的就要反對，英國國會向美洲殖民地徵稅是越權。因此，他們猛烈地反抗了。佛蘭克林不贊成用暴烈的行動對抗法定的議案，他主張一邊依法實行，一邊進行鬥爭，爭取通過合法途徑廢除那不合理的法案。
　　
其後的兩個星期，佛蘭克林因痛風病復發而足不能出戶。於是，他從事了另一些活動，他以“旅行者”為名為報紙撰寫文章，談論新聞報導的真實性；他又應卡姆斯勳爵的請求，6月2日為他寫了《我返回美洲後的經歷》（1762年），成為一部自傳體的佳作。他還在給卡姆斯的信中談到對音樂和一些樂器的看法。
　　
佛蘭克林生活中短暫的寧靜被北美傳來的震撼人心的消息打破了。
　　
那是殖民地人民奮起反抗的消息——他們對英國政府的殖民地政策忍無可忍了。
　　
多少年來，殖民地已習慣於自己的商業貿易由英國政府管理，為宗主國提供工業原料和製造業產品的市場，滿足於節儉的生活。1764年以前，英國政府已向殖民地對非英國進口的商品徵收新關稅，禁止殖民地和其他國家甚至禁止殖民地之間的貿易往來。

食糖條例的頒佈斷絕了西印度群島和英屬北美殖民地的貿易，使得殖民地人民沒有足夠的糖漿釀制糖酒，而糖酒是殖民地人民的主要飲料，是他們用以交換印第安人的皮貨、非洲的奴隸和英國的製造業產品的主要貨物。殖民地的整個經濟生活因該項法案的實施而大遭阻挫。而這一切都是為了英國甘蔗種植園主的利益。而對殖民地人民來說，印花稅的徵收意味著更嚴重的傷害。它不僅是要從殖民地搜刮巨額錢財，更是侵犯了殖民地的權利，殖民地人民絕不能容忍。
　　
佛吉尼亞率先抵制實施印花稅法案。該州議會的決議在波士頓用更加激烈的措辭重印出來，散發到殖民地各處，像警鐘一樣傳遍了從哈利法克斯到聖奧古斯丁的北美殖民地，驚醒了那些尚未奮起的人。各州議會的抗議或許還有所克制，普通民眾則直言不諱。當麻薩諸塞的州議會於10月份在紐約召集州際代表大會時，各殖民地的成幫結夥的普通老百姓已在組織起來，自稱“自由之子”——巴雷上校在英國國會對他們的稱呼。
　　
9個殖民地向代表大會派了代表，在這次會上，各殖民地達成一致的程度超過了11年前奧爾巴尼會議，殖民地已空前地團結起來。8月，印花稅徵稅官的姓名在殖民地公佈，從紐漢普什爾到南卡羅來納的殖民地人民揭竿而起。波士頓的反抗運動最為猛烈，佛蘭克林的朋友賓夕法尼亞的休斯和康涅狄格的英格索爾都受到了起義者的威脅，被迫辭職。

在法案行將實施之際，殖民地的大地上已沒有一名執行它的官吏；印花運到了，卻沒有什麼人使用它。商業在不貼印花的情況下繼續著，或根本不再進行；殖民地人民還準備恢復被英國政府禁止的製造業；人們為了抗議這項法案，廣泛抵制英貨；商人停止進口英國貨，已經訂了貨的也停止償付貨款。債主們坐立不安，不少人失去工作，社會動亂不安。
　　
在費城，佛蘭克林的政敵對他大肆攻訐，四出散佈流言，說是他促成了印花稅法案的通過，並從中獲利；是他給他的同胞設下了圈套。對佛蘭克林來說，這是比賓一夥更為危險的政敵。一些受到煽動的起義者揚言要燒掉佛蘭克林的新住宅。威廉•佛蘭克林聞訊後，匆匆忙忙地從伯林頓趕到費城，勸母親和妹妹到他那裏避避風頭。黛博勒只讓薩拉去了，自己不願離去。她的一個弟弟和她丈夫的一個侄兒搬來陪她同住，她讓他們帶了槍來。她知道她沒有傷害任何人，她丈夫也沒有；她也相信萬一有什麼麻煩，她的朋友會比敵人多。
　　
消息在1765年下半年傳到英國，英國為之震動。由於這場廣泛的反抗和抵制，英美之間的貿易急劇減少達半數。經濟利益受到損失的英國製造商、大商人、船主、商販開始加入到殖民地人民反對印花稅法案的行列中去。
　　
佛蘭克林也震驚了，但不是為了自己。他讀了黛博勒的來信，信中寫著：“我們把一間屋子變成了火藥庫，我吩咐在樓上築了些工事。這麼一來，我自己能對付。”對此，佛蘭克林苦澀地笑了。妻子的剛強使他感到欣慰，卻仍不免擔心。至於那些對他自己的中傷，他於7月8日在寫給朋友的信中是這樣說的：“他們所有的箭矢，正如拉伯雷所說的，箭頭是用陽光下的奶油做的。”他為之震驚的是構成英帝國整體的殖民地同宗主國的分裂。

他發現自己力圖將這兩個部分拉到一起，而同時被這兩個部分猜疑：英國政府視之為代表殖民地說話的使者；殖民地則認為他親英。實際上，如果要他選擇，他會毫不猶豫地站在殖民地人民一邊，因為他本來就是他們中的一員。但同時他又不願看到帝國的分裂。最後他決定了自己的立場，即以殖民地人民的要求作為自己的觀點的證據，那觀點就是，帝國統一的基礎在於北美殖民地的地方政府和殖民地在英國國會中有代表。他要以此為依據，去促使英國當局廢除印花稅法案。　　
　　　　
然而，當時英國的政治局勢竟使他無從開始自己的使命。格蘭維爾內閣由於同印花稅法案無關的原因而倒臺，新的羅金厄姆內閣上臺之初持相反立場；對於殖民地人民的抵制和反抗，英國國會十分不滿，越加堅持印花稅法案；格蘭維爾及其追隨者不肯承認自己的劣政；喬治三世則認為美洲殖民地人民是和自己親政的計畫過不去；土地所有者則因為該法案許諾由殖民地人民供給英國駐美軍隊便可減輕他們的稅務負擔而頑固支持這項法案；到羅金厄姆內閣執政後，急於證明格蘭維爾內閣政策之不明智時，它內部又出現分裂，自身的地位也不穩固；威廉•皮特主張廢除印花稅法，但他拒絕進入羅金厄姆內閣，影響力有限。
　　
佛蘭克林並不氣餒。他同一般的英國政治家交談，力圖和他們溝通思想，使其理解乃至接受自己的觀點。他還和英國與美洲殖民地有關的工業資產階級、商人、運輸業人士聯繫，鼓動他們向議會、政府施加壓力。在英國，這些人在議會中的代表很少，力量也不大，但他們是正在興起的階級，他們的經濟力量正在迅速增長，政治影響力也逐步加強。12月4日，許多這樣的廠主、商人和船主在金斯阿姆斯酒店聚會，醞釀全國各地城鎮聯合上書請願，要求廢除這個被佛蘭克林稱為“罪惡之母”的法案，並準備為下院安排一次聽證會來證明該法案的惡果。
　　
國會於12月17日和次年元月14日開會，會上對是否廢止印花稅法展開了激烈的長時間辯論。格蘭維爾及其一黨極力為印花稅法辯護，得到英王及其友人和一部分閣員的讚賞及土地貴族代表的擁護。1月6日佛蘭克林稱這些人“錯誤地認為，較之對錯誤措施一經發現立即更正，堅持錯誤舉措更能維護政府的榮譽和尊嚴”。殖民地人民要求的同情者柏克發了言，皮特也作了強有力的講話，但他們不是閣員，他們的宏論對公眾的影響大於對內閣的影響。
　　
在國會辯論期間，佛蘭克林沒有閑著，他將國會辯論的情況報告給公眾，向各家報紙寫匿名信，尖銳地抨擊印花稅法案。他還以一個政治家的遠見和敏銳積極作好準備，一有機會便親口說出自己的意見。佛蘭克林果然沒有徒勞，英國的工商資產階級發起的國會有關委員會的聽證會給了他發言的機會。