由於早年軍教人員待遇偏低，因此享有薪資所得免稅的優惠。雖然隨著時代的改變，以及這種依照身分別、職業別的免稅規定，明顯違反租稅中性原則，但因影響權益的人員多達35萬人以上，使得軍教免稅爭議延宕幾十年無解。

經過政院介入協調，行政院會昨天終於拍板定案，通過「所得稅法」、「教育經費編列與管理法」以及「幼稚教育法」修正案。其中所得稅法修正草案規定，取消軍教薪資所得免稅，包括托兒所、幼稚園、國民小學、國民中學、私立小學及私立初級中學的教職員，以及現役軍人。

行政院長劉兆玄表示，這是我國租稅史上十分重要的里程碑，象徵我國所得稅制向公平合理更邁進一大步。

行政院發言人蘇俊賓轉述，劉揆感謝財政部、教育部與國防部努力溝通，終於獲得共識的版本，希望能盡速完成修法，並落實配套措施，同時也期許各部會，未來能再針對相關的配套措施，加強進行後續的宣導工作。

為了因應取消軍教薪資所得免稅的衝擊，國防部、教育部與內政部規劃配套措施。國防部會調整志願役的勤務加給；教育部將以補助國中小約聘僱行政或輔導人力、調增國中小及幼稚園導師費、降低國中小教師授課節數等方式來給予實質補貼；內政部則補助托兒所教保人員教保費、臨時助理教保人員人事費，以及其他學齡前兒童照顧服務。

蘇俊賓說，在教育經費編列管理法修正草案部分，規定中央政府就公私立國中、國小及幼稚園的教職員課徵所得稅所增加的收入額度，將以外加方式編列專款，專用於提升幼稚教育及國民教育品質。

幼稚教育法修正草案則規定，幼稚園每班設教師兩人，「都兼任導師」，但班級人數在15人以下時，僅其中1人為導師。

行政院指出，軍教人員恢復課稅，預估政府一年將增加155億元的稅收，增加的稅收將用於相關的配套回補給軍教人員。

此外，行政院會上午也通過「國家教育研究院組織法草案」，落實行政院87年核定的「籌設國立教育研究院」執行項目，未來的國立教育研究院將整併國立編譯館與國立教育資料館，從事整體性、系統性的教育研究，並逐步朝行政法人方向發展。