南北戰爭於1861年4月開始，南方各州聲稱有權分裂，並且組成了自己的邦聯。其部隊先開火。北方各州在林肯總統的領導下，決心阻止叛亂並保護聯邦。

北方的州多出一倍多而人民也多出兩倍，並且有充裕設施生產戰爭物資，以及優越的鐵路網。南方有較有經驗的領導人，並且有大部分在自己領土戰鬥的優勢。

四年來，數萬名士兵和馬匹參與的陸戰在維吉尼亞、馬里蘭、賓州、 田納西州和喬治亞開打。海戰在大西洋沿岸與密西西比河開打。在西部，聯邦勢力幾乎贏得連續的勝利，相比之下，在維吉尼亞，他們企圖奪取邦聯首都瑞其蒙(Richmond)失敗後，嚐到敗戰。

戰爭中最血腥的一天是1862年9月17日，當天兩軍於馬里蘭夏普斯堡(Sharpsburg)附近的安提耶坦溪(Antietam Creek)交會。由羅伯特李(Robert E. Lee)將軍率領的邦聯部隊未能擊退由喬治麥克萊倫(George McClellan)率領的部隊，而李與他的軍隊毫髮無傷地逃跑。麥克萊倫被撤職.。雖然軍事上此戰役沒有決定性，其影響十分廣大。英國和法國本已準備承認邦聯，他們決定延遲，而南方從未收到它所急需的救援。

數月過後，林肯總統發佈一項初步解放宣言(Emancipation Proclamation)，釋放所有居住於邦聯州內的奴隸並且授權招募非洲裔美國人加入聯盟軍隊。現在北方不需再為了保護聯盟而戰，他們正為了結束奴隸制度而戰。

1863年，聯盟軍隊在密西西比的維克斯堡(Vicksburg)和賓州的蓋茨堡(Gettysburg)勝利勢氣大增，接著威廉謝爾曼(William T. Sherman)將軍穿越喬治亞以及進入南卡羅萊納時，實施焦土化戰術。 1865年4月，在尤利西斯葛蘭特(Ulysses S. Grant)將軍指揮下，龐大的聯盟軍隊在維吉尼亞包圍羅伯特李，李投降，美國南北戰爭結束。

投降的條件非常寬大，葛蘭特提醒他的軍隊，「叛軍再次成為我們的同胞」。在華盛頓，林肯總統準備開始調解過程，然而他再沒有此機會，南方投降後不到一個星期，他被一名因戰敗而憤怒的南方人所暗殺。任務落到副總統安德魯詹森(Andrew Johnson)身上，他是一名希望重建過程快速且舒適的南方人。

詹森發佈赦免，恢復許多南方人的政治權利。到1865年末期，幾乎所有前南部聯盟支持者的州已召開會議撤銷分裂並廢除奴隸制度廢除，只有田納西州拒絕批准一項憲法修正案，給予非洲裔美國人完整公民權。由於共和黨在國會決定實施自己的重建計畫，他們制定懲罰措施，防止前叛軍領袖擔任職位。他們將南方劃分為5 個軍區，由聯盟將領管理。他們否認任何拒絕效忠於聯盟之人的投票權。他們強烈支持美國黑人權利，詹森總統試圖阻止許多這些政策並且被彈劾，投票不符合標準，他因而繼續留任，但國會將繼續執掌未來30年的巨大權力。

導致南北戰爭的分裂與仇恨在戰爭停止後並未消失。當南方白人獲得政權，南方黑人受苦。他們以獲得自由，但卻被禁止享受其權利，因為地方法律拒絕讓他們使用許多公共設施。他們有投票權卻在投票時受到恐嚇。南方曾經分裂並維持了100年，戰後重建過程起初懷有重大理想，卻因腐敗與種族歧視而失敗。其失敗讓非洲裔美國人對平等的抗爭延遲到20世紀，此時這已成為全國議題，而非南方議題。