免疫指標的檢查在紅斑狼瘡中十分重要，通常經由抽血檢查『自身抗體』以及『非抗體』的免疫指標。
一、自身抗體
所謂自身抗體就是身體自己產生的抗體。在自身抗體中以抗核抗體(ANA)最為重要，其他還包括抗中性粒細胞胞漿抗體、抗心磷脂抗體等在此就不再贅述。
(一)抗核抗體
在過去傳統意義上把抗細胞核內的抗體稱為抗核抗體(anti-nuclear antibody，ANA)。近年來，隨著分子生物學、細胞生物學、免疫化學的深入研究，目前對ANA不再只是粗略的針對細胞核成分，而是更細微的指抗核酸(nucleic acid)和核蛋白(nucleoprotein)抗體的總稱，現在已發現不同意義的二十餘種ANA，而形成抗核抗體譜(ANAs)。
1．抗核抗體：ANA是對各種細胞核成分所產生抗體的總稱，屬於自身抗體。檢測ANA對紅斑狼瘡的診斷、分型和治療，有著十分重要的意義。據統計：抗核抗體在系統性紅斑狼瘡活動中的陽性率可達96％-100％，在非活動期的陽性率為80％-100％。
ANA濃度高未必表示SLE在活動，也不一定是治療的指標。ANA的出現無特異性，其他膠原性疾病(Collagen Disease)，如硬皮病(Scleroderma)、類風濕性關節炎(Rheumatoid Arthritis)、混合性結締組織病(Mixed Connective Tissue Disease)、乾燥綜合症(Sjogren’s syndrome)等，亦可出現ANA陽性，但一般來講，它們的陽性率以及滴定度均較低。
2．抗DNA抗體：主要是檢測抗雙鏈DNA(double stranded DNA，ds－DNA)抗體。抗雙鏈DNA抗體(anti-dsDNA)主要見於SLE，是SLE的高度特異性抗體，是SLE組織損傷的發病基礎，也是疾病活動的標記，特別與活動性腎損傷密切相關，是SLE診斷標準條件之一。
在SLE病變中，anti-dsDNA的陽性率為60％-90％，與SLE的活動性成正相關，而在活動性SLE的陽性率為80％－100％；在非活動期陽性率<30％，診斷特異性為90％，即anti-dsDNA陽性有九成機會是紅斑狼瘡。在臨床上高滴度的anti-dsDNA常提示SLE的診斷，但低滴度anti-dsDNA也可見於肝病、青年型類風濕性關節炎及某些正常人群。在臨床上anti-dsDNA可用於監測SLE的病情變化，其滴度的降低或消失常提示疾病的好轉或緩解，如果進行治療後其滴度不下降反而上升，常預示著患者的腎臟損害進一步加重。
3．抗ENA抗體：抗ENA抗體是一種針對細胞核內可提取核抗原(extractable nuclear antigen，ENA)的自身抗體，最主要是檢測抗Sm抗體(Anti-Sm autoantibodies〉，對疾病的診斷、治療及預後的判斷有重要的意義，但與疾病的活動性以及疾病的嚴重程度無正相關。
4．抗Sm抗體：抗Sm抗體〈Anti-Sm autoantibodies〉，首先是在一個名叫Smith病人的血清中所証實，故稱之為抗Sm抗體，對診斷SLE有高度特異性，是SLE的標記性抗體，即發現抗Sm抗體，幾乎可以確診為系統性紅斑狼瘡了。
在SLE患者中陽性率因人種而不同，黑人和亞洲人的SLE患者中陽性率較高，可達30％—40％，而白種人的患者陽性率卻只有10％—20％；平均陽性率約為25％。抗Sm抗體對SLE有很強的特異性，特別是對伴有中樞神經症狀者陽性率更高，但它與疾病的活動性不呈正相關，經治療後也可以不消失。
二、非抗體免疫指標
(一)補體(Complement，簡稱C)
補體是存在於人血清中的具有脢活性的球蛋白，占球蛋白總量的10％～15％，它由9種血清蛋白(C1-C9)和一些相關物質組成，參與身體正常免疫反應。SLE患者補體受到啟動，參與免疫反應，因而補體有所降低。補體成分的降低常標誌著病情處在活動期，常有腎臟炎、溶血性貧血、關節炎等急性的臨床症狀出現。血清中C3是補體中的一種成分，它的含量最高，可占補體總數的50％以上，如果檢測C3和anti-dsDNA濃度在正常的范圍，常表示著疾病處在非活動期，預後良好。
如果檢測患者的補體，如C3、C4降低，或anti-dsDNA升高，常預示著SLE處在病情加重的狀態。C4的水平下降與狼瘡性腎炎有密切的關系。C4的降低常先於C3，並且在長時間內保持低濃度，尤其是在病情惡化前，C4先下降，繼而C3也隨之下降。這種變化，對病情的診斷，療效的判定和預後都有十分重要的意義。
但在臨床上也發現，有部分SLE患者雖然長期有低補體濃度，即C3、C4很低。但病人的病情穩定，處於良好的狀態，反之，也有少數患者，病情處在進行性加重，但補體C3、C4卻持續正常，無變化。
(二)類風濕因子(Rheumatoid Factor, RF)
類風濕因子是一種巨球蛋白的自身抗體，簡稱RF。在臨床上約有33％～61％的SLE患者會出現RF陽性，但與類風濕關節炎相比，其滴度較低且不持久。◇
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