禽流感不只對人類造成威脅，也可能波及全球生物的多樣性，例如瀕臨絕種動物因感染禽流感可能遭致滅種，惡性循環更可能加速滅亡；另外，鼠類等害蟲可能因一些猛禽染病死亡後失去天敵而加速繁衍，進而危及人類健康。

聯合國環境規劃署（UNEP）今天在巴西召開的「生物多樣性公約」大會提出警告，全球九千多種鳥類中有六千多種受到 H5N1 病毒威脅，其中包括五十多種瀕臨絕種的鷹類，禽流感對生物多樣性的威脅遠比預期中的要複雜和廣泛。

UNEP舉例，首先是一些瀕臨絕種動物可能禽流感而滅種；其次是大量撲殺家禽的貧窮地區人口，因為缺乏肉類的供給，很可能轉而捕殺野生動物充飢，也加快一些瀕臨絕種動物滅種速度。

猛禽因禽流感死亡後，一些害蟲失去天敵而加速繁殖，不但危及人類也威脅一些瀕臨絕種鳥類的鳥蛋或幼鳥。

UNEP 建議夏威夷、加拉巴哥、塞昔爾、模里西斯等群島，禁止進口家禽和野生鳥類，以保護當地特別多樣性的物種。

UNEP 說，受威脅的物種從美洲豹、老虎等大型貓科類到貂、黃鼠狼、獾等哺乳動物，以及百分之八十的鳥種。專家尤其擔心類似越南這個擁有大量家禽市場又曾爆發禽流感的地區，和類似巴西等非法交易禽鳥市場猖獗地區。