【大紀元10月7日報導】（中央社記者陳妍君台北七日電）媒體報導，陳水扁總統要求高雄市代理市長葉菊蘭徹查高雄捷運BOT案。對此，身兼中國國民黨主席的台北市長馬英九今天表示，行政調查一定有限制與禁區，尤其前高雄市長謝長廷現在貴為行政院長，要求高雄市長調查，難免有些顧忌，因此，重點應不在行政調查，而是在司法調查。

馬英九出席九十四年役政幹部講習會後受訪指出，高捷案確實應調查清楚，但由現任市長調查前任市長，能調查到什麼程度，需加以界定。且即使是市長，調查權仍非常有限，只有檢察官、法院有強制處分權，可搜索、扣押、羈押、限制出境。因此他雖不反對行政部門配合，但主要仍應由司法機關徹查。

至於陳總統將謝長廷列入調查對象，媒體問馬英九，是否代表總統不再信任謝長廷？馬英九說，「那倒不一定」，因為這個調查一定有限度，範圍即使廣一點，對釐清案情的效果也應有限，最主要還是應該放手讓司法機關調查，才能讓真相大白，取得國人信任。